Subes por ftp el CONTENIDO de la carpeta upload a la raíz de tu foro XenForo.
Hecho esto, instalas la actualización o el complemento (lo que toque) desde el PCA -> Inicio -> Instalar (o actualizar) complemento.
Debe de dejarte. Debes tener un usuario y contraseña para ello. Habla con tu host si fuera necesario. Te lo digo porque para instalar un complemento igual lo brincas con alguno de los instaladores que hay, pero para actualizar xenforo NECESITAS el FTP.